2024년 세법 개정법률의 주요 내용


법무법인 대륙아주 김신희 변호사
법무법인 대륙아주 이다솜 변호사



1. 2024년 세법 개정법률의 의결 및 공포

  기획재정부는 2024. 7. 25. ① 경제의 역동성 확보를 위한 투자∙고용∙지역발전 촉진 및 자본시장 활성화, ② 민생 안정을 위한 결혼∙출산∙양육 부담 완화 및 서민∙소상공인 등 지원, ③ 합리적인 조세체계 구축을 위한 세부담 적정화 및 조세제도 효율화 추진, ④ 납세자 친화적 환경 구축을 위한 납세자 편의∙권익 강화를 주된 내용으로 하는 2024년 세법개정안을 발표하였습니다. 기획재정부는 국세 관련 세법 13건 등에 관한 2024년 세법개정안을 입법예고 및 국무회의를 거쳐 2024. 9. 2. 국회에 제출하였습니다.

  국회는 2024. 12. 10. 본회의에서 위 2024년 세법개정안 중 국세기본법 등 총 10건의 세법을 원안대로 가결하였고, 부가가치세법 및 조세특례제한법은 수정 가결하였으며, 상속세 및 증여세법 개정안은 부결하였습니다. 정부는 국회 본회의에서 의결한 12개 세법 개정법률을 국무회의의 심의∙의결을 거쳐 2024. 12. 31. 공포하였습니다.



2. 2024년 세법 개정법률의 주요 개정사항

가. 법인세제(법인세법, 조세특례제한법 법인세 분야)

  2024년 세법 개정법률 중 법인세제 분야에서는 R&D 및 투자지원 확대를 위한 조세특례를 확대∙연장하고, 지역균형발전 목적의 세제지원 제도를 정비, 과세형평성 제고 등의 목적을 위한 과세체계 및 세무행정을 정비하는 등의 개정이 있었습니다. 법인세제 분야의 주요 개정사항은 다음과 같습니다.


1) R&D 및 투자에 대한 지원 확대

① 중소기업 졸업 후 중견기업에 대한 일반 R&D 세액공제의 공제율 점감구조를 국가전략기술, 신성장∙원천기술 R&D까지 확대하고, 통합투자세액공제에도 점감구조 도입(조특법 §10①∙§24①)

② 국가전략기술 등 R&D∙통합투자세액공제 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 간 연장(조특법 §10①∙§24①)

③ 사업용 유형자산 등에 대한 통합투자세액공제 증가분(추가공제) 공제율을 일반 및 신성장∙원천기술사업화시설 3%, 국가전략기술 사업화 시설 4%에서 각 10%로 상향(조특법 §24①)

④ 해외진출기업 국내복귀시 지원제도 적용기한을 2027. 12. 31.까지로 3년 연장(조특법 §104의24①∙§118의2①)


2) 지역균형발전 및 관련 감면제도 정비

① 창업중소기업 세액감면 제도 – 과밀억제권역 아닌 수도권에서 창업하는 중소기업의 경우 5년 50%-100%에서 25-75%로 감면율 조정, 고용증대 추가감면 상향을 상시근로자 증가율의 50%에서 100%로 상향, 감면한도(연간5억원) 신설, 적용기한 2027. 12. 31.까지 3년 연장(조특법 §6)

② 지방이전지원세제 제도정비

• 수도권 내(과밀억제권역 밖)으로 공장을 이전한 기업에 대한 소득∙법인세 감면을 수도권 인구감소지역으로 공장을 이전한 경우에 적용하는 것으로 변경(조특법 §63)
   
• 공장∙본사를 지방으로 이전한 기업 중 이전 전 10년 내에 감면을 적용받은 기업은 감면 대상에서 제외하고, 이전 전후에 동일한 업종 요건을 이전 전 2년 이상(중소기업은 1년) 이상 영위한 업종과 동일한 업종을 영위하도록 적용요건 합리화(조특법 §63∙§63의2)

3) 조세제도 효율화

① 공정거래법에 따른 공시대상기업집단(중소기업규모 법인은 제외)에 속하는 내국법인∙연결법인(연결법인 중 어느 하나의 법인이 공시대상기업집단에 속하는 경우)은 해당 중간예납기간 법인세액 기준으로 계산하는 방식 적용하도록 하여 법인세 중간예납 계산방법 합리화(법인법 §63의2①∙②∙§76의18①∙②)

② 연결납세방식 적용 후 중소기업 아닌 기업의 중소기업규정 적용 기간을 3년에서 5년으로 각 연장(법인법 §76의22)


4) 납세자 편의 제고

① 외국법인의 국채등 비과세 제도 합리화

• 국외투자기구의 비과세 신청 및 원천징수절차 간소화(법인법 §93의3③∙④∙⑤)
   
• 외국법인의 직접 경정청구 근거 마련(법인법 §93의3⑥∙⑦)

② 국내원천 인적용역소득에 대한 비과세∙면제신청서 및 지급명세서 제출 의무화(법인법 §98의4①)

③ 직전연도 기부금영수증 발급 합계액이 일정 금액 이상(3억원 이상으로 구체적인 금액은 시행령 위임)인 법인은 기부받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 1. 10.까지 전자기부금영수증 발급 의무화(소득법 §160의3④∙법인법 §112의2④)


5) 세부담 적정화

① 성실신고확인대상 소규모 법인에 대하여 법인세 과표구간∙세율 조정(과세표준 200억 원 이하에 대하여 일괄적으로 세율 19% 적용)(법인법 §55①)

② 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 관련 공제대상 중 간접법 폐지, 공제율 10% → 5%로 하향, 최대 3년간 분할취득 가능하도록 취득기간 연장(조특법 §12의4①)

③ 성과공유 중소기업이 지급하는 경영성과급에 대한 세액공제 공제율 15% → 10%로 인하 및 세액공제, 소득세 감면 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장(조특법 §19)


6) 과세체계 및 조문 정비

① 미술품∙저작권 등의 권리를 투자계약증권 또는 신탁 수익증권 형태로 분할발행하여 다수 투자자가 투자∙거래할 수 있는 신종 투자상품인 조각투자상품으로부터의 이익을 배당소득 범위에 추가하고, 조각투자상품인 수익증권을 발행하는 신탁은 수탁자 법인세 납부 의무에서 제외하여 조각투자상품 이익 과세분류 규정 마련(소득법 §17①∙법인법 §5②)

② 손금불산입대상 공과금 범위 명확화(법인법 §21(5))

③ 의료기술협력단을 기부금 손금산입 대상으로 포함(법인법 §24②)

④ 해약환급금준비금 손금산입 범위 명확화(법인법 §32①)

⑤ 적격인적분할 요건 중 지분비율 산정 시 분할법인 등이 보유한 자기주식을 제외하여 적격인적분할 요건 합리화(법인법 §46②)

⑥ 유동화전문회사 등에 대한 배당금액 이월공제금액을 해당 사업연도에 공제받지 못한 배당금액(각 사업연도 소득금액을 초과하는 이월결손금, 배당금액 합계액)으로 명확화(법인법 §51의2④∙⑤)

⑦ 연구개발의 개념 명확화(조특법 §2①)

⑧ ‘블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업’을 ‘가상자산 매매 및 중개업’으로, ‘용달 및 개별화물자동차 운송업, 그 밖의 도로화물운송업’을 ‘대통령령으로 정하는 도로화물운송업’으로 업종명칭 변경(조특법 §6③ 등)

⑨ 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 출연금으로 연구개발 출연금에 대한 과세특례 인정범위 확대(조특법 §10의2①)

⑩ 프로젝트금융투자회사에 대한 이월공제금액 명확화(조특법 §104의31)


7) 기타

① 가상자산 과세자료 제출의무 대상 가상자산사업자의 범위 보완(법인법 §120의4), 과세자료 미제출가상자산사업자에 대한 과세자료 제출명령 및 미제출 시 최대 2,000만 원 과태료 부과규정 신설(법인법 §124)

② 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용대상에 의료기술협력단 추가(조특법 §74①)

③ 해운기업 법인세 과세표준 특례 적용기한 연장 및 재설계(조특법 §104의10①∙⑧)

④ 신용회복목적회사 출연 시 손금산입 특례 적용기한을 2029. 12. 31.까지 5년 연장(조특법 §104의11)

⑤ 정비사업 채권포기 시 과세특례 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장(조특법 §104의26)


나. 소득세제(소득세법, 조세특례제한법 소득세 분야)

  2024년 세법 개정법률 중 소득세제 분야에서는 금융투자소득세 및 가상자산소득에 대한 과세를 폐지하거나 시행시기를 유예하고, 결혼∙출산∙양육 지원 및 민생안정을 위해 서민∙중산층에 대한 세제지원을 확대하며, 이외에 벤처기업 지원 등을 위한 세제지원 및 양도소득세를 감면하는 등의 개정이 있었습니다. 소득세제 분야의 주요 개정사항은 다음과 같습니다.


1) 금융투자소득세 폐지 및 가상자산소득에 대한 과세 시행시기 유예

① 금융투자상품으로부터 실현된 소득을 합산과세하는 금융투자소득세 폐지(소득법 제2장의2, 조특법 §14 등)

② 가상자산 과세 2027. 1. 1.까지 유예(소득법 §37①(27)∙⑤∙⑥∙⑦∙부칙 등)

③ 가상자산 과세 시행 후 취득한 가상자산의 실제 취득가액 확인이 곤란한 경우 동종 가상자산 전체에 대해 양도가액의 일정 비율(최대 50%)을 필요경비로 의제하는 것을 허용(별도 부대비용은 인정하지 않음)하는 규정을 추가(소득법 §37⑥, 소득령 §88)

④ 가상자산 과세자료 제출의무 대상 가상자산사업자 범위 보완(소득법 §164의4), 과세자료 미제출가상자산사업자에 대한 과세자료 제출명령 및 미제출 시 최대 2,000만 원 과태료 부과규정 신설(소득법 §164의4∙§177, 소득령 별표5)


2) 결혼∙출산∙양육 지원

① 2024년부터 2026년 중 혼인신고를 한 거주자에 대하여 혼인신고를 한 해(생애 1회)에 50만 원을 공제하는 결혼세액공제 신설(조특법 §92 신설)

② 자녀세액공제 금액 확대 (첫째 15만 원 → 25만 원, 둘째 20만 원 → 30만 원, 셋째 이후 30만 원 → 40만 원)(소득법 §59의2①)

③ 근로자 본인 또는 배우자의 출산과 관련하여, 출생일 이후 2년 이내에 공통 지급규정에 따라 사용자로부터 지급(2회 이내)받는 급여(단, 친족인 특수관계자가 출산과 관련하여 지급받는 경우는 제외)는 전액 소득세 비과세로 비과세한도 폐지(소득법 §12(3))

④ 근로소득자인 무주택 세대주에게만 적용되던 주택청약종합저축 납입액에 대한 소득공제 및 청년우대형 주택청약종합저축 이자소득 비과세 규정을 무주택 세대주의 배우자에게도 적용하여 확대(조특법 §87②∙③∙④∙⑤)

⑤ 혼인에 따른 1세대 1주택자 특례 적용기간을 5년 → 10년으로 확대(소득령 §155⑤∙§156의2⑨)


3) 서민∙중산층, 소상공인에 대한 세제지원 확대

① 자사 및 계열사의 종업원등이 자사∙계열사의 재화 또는 용역을 시가보다 할인하여 공급받은 경우(일반소비자와 차별하여 종업원등에게만 적용되는 할인금액일 것) 할인받은 금액을 근로소득으로 규정하고, 이에 대해 일부를 비과세하는 내용의 종업원 할인금액에 대한 근로소득 비과세 기준 마련(소득법 §12(3)∙§20①)

② 소득세 기본공제 대상자인 직계비속의 나이 요건을 20세 이하로서 20세가 되는 날이 속하는 과세기간까지 기본공제 대상자에 포함하는 것으로 명확화(소득법 §50①)

③ 중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금 소득세 감면요건을 성과보상기금에 3년 이상 가입한 중소∙중견기업 근로자로 단축(5년 → 3년) 및 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장(조특법 §29의6①)

④ 소기업∙소상공인 공제부금(이른바 노란우산공제)의 적용대상을 총급여 8천만 원 이하 법인대표자로 확대하고, 사업(근로)소득금액 소득공제 한도 상향(조특법 §86의3①)

⑤ 상가임대료 인하 임대사업자에 대한 세액공제 적용기한을 2025. 12. 31.까지 1년 연장(조특법 §96의3①)

⑥ 근로장려금(EITC) 관련 맞벌이가구 총소득기준금액을 3,800만 원 → 4,400만 원으로 인상 및 장려금 산정식 수정(조특법 §100의3①(2)∙§100의5①(3) 등)

⑦ 건설기계 1대를 양도한 후 해당 과세기간에 다른 건설기계를 대체취득한 개인사업자(과세특례 적용 시 5년 이내 중복 적용 불가)에 대하여 양도차익에서 대체취득분에 해당하는 금액 중 1,000만 원 초과분을 3년 분할 산입하는 건설기계 처분이익 사업소득 분할 과세특례 신설(조특법 §104의34)
수영장∙체력단련장 시설 이용료에 대하여 30%의 신용카드 소득공제 적용(조특법 §126의2②)

⑧ 수영장∙체력단련장 시설 이용료에 대하여 30%의 신용카드 소득공제 적용(조특법 §126의2②)


4) 자산형성 지원

① 청년도약계좌 비과세 관련하여 계약 체결일로부터 5년 이내에 해지 시 비과세적용받은 상당세액을 추징하는 추징요건 완화(해지시기 5년 → 3년으로 단축)(조특법 §91의22③)

② 개인투자용 국채 이자소득 분리과세 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장(조특법 §91의23①)


5) 과세체계 정비

① 전자세금계산서 및 전자계산서 발급 세액공제 적용기한을 2027. 12. 31.까지 3년 연장(소득법 §56의3①)

② 종합소득세산출세액보다 세액공제액 합계액이 큰 경우 초과 금액은 없는 것으로 보도록 하는 세액공제액 합계액 산정에 고향사랑 기부금 세액공제 추가(소득법 §61②, 조특법 §58)

③ 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용요건 중 사업시행자의 통보를 삭제(조특법 §77의2②)


6) 양도소득세 감면

① 인구감소지역 주택 및 준공 후 미분양주택에 대한 양도소득세 과세특례 신설

• 기존 1주택자가 인구감소지역 주택 1채를 2024. 1. 4.부터 2026. 12. 31.까지 취득 시 양도소득세, 종합부동산세에 대해 1세대 1주택자 특례 적용(조특법 §71의2)
   
• 기존 1주택자가 수도권 밖의 지역 소재 전용면적 85㎡, 취득가액 6억 원 이하의 준공 후 미분양주택을 2024. 1. 10.부터 2025. 12. 31.까지 취득 시 양도소득세, 종합부동산세에 대해 1세대 1주택자 특례 적용(조특법 §98의9)

• 국외투자기구의 비과세 신청 및 원천징수절차 간소화(소득법 §119의3③∙④)
   
• 비거주자∙외국법인의 직접 경정청구 근거 마련(소득법 §119의3⑥·⑦) 
   

3) 관세 관련

① 성실신고확인대상사업자 중 신청자를 대상으로 수입신고한 물품에 대하여 수입신고일이 속하는 달의 다음달 말일까지 성실신고확인서 및 입증자료를 첨부하여 확정납세신고를 하는 내용의 관세 성실신고확인 및 월별 확정납세신고제도 신설(시행 2028. 1. 1.)(관세법 §9④∙§38의5)

② 적재화물목록 관련 서류 보관의무자 중 적재화물목록 제출자(선사 또는 항공사)를 적재화물목록 작성자(선사 또는 항공사 및 화물운송선업자)로 변경(관세법 §12)

③ 관세 수입 무신고 시 부과제척기간 7년 규정 신설 및 부정행위시 관세 신고불성실 가산세 강화(40% → 60%)(관세법 §21①∙§42∙FTA관세법 §36①)

④ 최빈 개발도상국 졸업국가에 대한 한시적 특혜관세 적용(관세법 §76)

⑤ 계약내용과 다른 수입물품 관세환급 반입장소에 통관우체국 추가(관세법 §106)

⑥ 관세조사 재조사 금지 예외사유 정비(관세법 §111)

⑦ 내국물품의 보세구역 장치의무 폐지(관세법 §155)

⑧ 보세창고 내 내국물품 장치기간 연장(관세법 §177)

⑨ 원산지증명서 발급 관련 위임 근거 신설(관세법 §232의2)

⑩ 불법 마약류 수출입 제한 명확화(관세법 §234의2)

⑪ 지식재산권 등 보호대상에 방위산업기술 추가(관세법 §235)

⑫ 수출입신고필증 발급 대상자를 화주까지 확대(관세법 §248)

⑬ 해외직구 통관제도 개선

• 전자상거래물품 중 사업자가 아닌 개인의 자가사용물품에 대해 대통령령으로 정하는 간소한 방법 등으로 수출입 신고, 물품검사 등을 가능하게 하고, 전자상거래물품 특별통관 우선 적용 범위를 수출입신고 및 물품검사로 확대(관세법 §254①∙⑥)
   
• 전자상거래물품 특별통관을 받고자 하는 국내외 통신판매업자 및 통신판매중개업자, 화주의 위임을 받아 해외에서 전자상거래물품을 수령하여 배송을 대행하는 자에 대한 전자상거래업체 등록제도 규정 신설(관세법 §254②∙⑦)
   
• 전자상거래업체 거래정보 요청대상 확대(국내외 통신판매업자 및 통신판매중개업자, 배송대행업자 추가) 및 거래정보 제공시점 확대(관세법 §254③)

⑭ 원산지 등 사전심사 제도 개선

• 원산지 등 사전심사 대상 예외 규정 삭제(FTA관세법 §31①)
   
• 협정에서 정하지 않았더라도 사전심사서 내용을 변경 가능하도록 하여 사전심사서 내용변경 대상 확대(FTA관세법 §32①)

⑮ 관세법상 관세청에 과세자료 제출기관으로 특정금융정보법상 신고가 수리된 가상자산사업자 추가(관세법 §264의2)


라. 기타 세제(조세특례제한법 자산세 분야, 국세기본법, 국세조세조정법 등)

  2024년 세법 개정법률 중 기타 세제 분야에서는 글로벌 최저한세에 대한 OECD 모델규정 및 행정지침 반영(국제조세조정법), 납세자의 권익보호를 위한 제도개선 및 납세자 편의를 제고(국세기본법)하는 등의 개정이 이루어졌습니다. 기타 세제 분야의 주요 개정사항은 다음과 같습니다.


1) 조세특례제한법 자산세 분야

① 가업승계 증여세 과세특례 대상[중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업(직전 3개 법인세 사업연도의 매출액 평균금액이 5천억원 미만)으로서 부모가 10년 이상 계속하여 경영한 기업]을 조특법에 직접 규정(조특법 §30의6)

② 가업승계 시 증여세 납부유예 규정 인용조문 정비(조특법 §30의7)

③ 영농자녀 증여세 감면 특례 적용대상인 어업권 정비(조특법 §71)

④ 인구감소지역 주택 및 비수도권 소재 준공 후 미분양주택에 대한 종합부동산세 과세특례 신설


2) 국세조세조정법 분야

① 정상가격 조정에 따른 경정청구 절차 보완(국조법 §6)

② 상계거래 적용대상 조문 정비(국조법 §11)

③ 지급이자 손금불산입 적용순서를 명확화(국조법상 지급이자 손금불산입 규정이 선행하여 적용)(국조법 §26)

④ 암호화자산을 자동정보교환체계 대상으로 추가하여 OECD 암호화자산 다자간 정보교환체계 이행근거 마련(국조법 §36∙§37∙§38)

⑤ 해외금융계좌 신고의무 제도 합리화 - 국내 거소를 둔 기간의 합계가 182일 이하(종전 183일 이하)인 재외국민조세조약에 따라 체약상대국 거주자로 인정된 거주자, 해외신탁명세를 제출할 때 해외금융계좌를 함께 제출한 자에 대해 해외금융계좌 신고의무 면제(국조법 §54)

⑥ 해외현지법인 등에 대한 자료제출∙보완 요구기간 제한 삭제(국조법 §58)

⑦ OECD 모델조약 및 OECD 행정지침을 반영하여 그룹 및 구성기업∙고정사업장∙부분소유중간모기업의 명칭 및 정의 명확화, 다국적기업 그룹의 연결매출액 산출방법 위임근거 마련 등 글로벌 최저한세 제도 보완(국조법 §61∙§62∙§67∙§74∙§77의2∙§79∙§80∙§83∙§84)


3) 국세기본법 분야

① 세액공제액을 부과제척기간 만료 이후 이월하여 공제하는 경우 해당 세액 공제액 관련 부과제척기간을 이월공제한 과세기간으로부터 1년으로 하는 내용의 특례 신설(국기법 §26의2③)

② 세액공제금액을 과소신고한 경우에도 경정청구 허용(국기법 §45의2①)

③ 미수령 환급금 충당기준 상향(10만 원 → 20만 원)(국기법 §51⑧)

④ 세무조사 사전통지시 납세자에게 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유 등을 통지하되 불복 청구 등의 재조사결정에 따른 재조사의 경우에는 7일 전에 통지하도록 하여 사전통지 기간 조정(국기법 §81의7①)

⑤ 사망보험금에 대한 납세의무 승계 범위 확대(국기법 §24②)

⑥ 제2차 납세의무를 부담하는 출자자에 영농, 영어조합법인의 조합원을 추가하여 2차 납세의무자 범위 확대(국기법 §39)



3. 2024년 세법 개정법률의 정부안 대비 수정내용 및 부결된 내용

가. 정부안 대비 주요 수정내용

2024년 세법개정안 중 대부분은 국회 본회의에서도 원안이 그대로 가결되었으나, 조세특례제한법 및 부가가치세법의 경우 정부안이 일부 수정되어 가결되었습니다. 해당 법률에서 정부안 대비 주요 수정내용은 다음과 같습니다.


1) 조세특례제한법

① 통합고용세액공제 지원방식을 현행대로 유지하는 것으로 수정(조특법 §29의8)

② 채용 시 세제지원 대상 경력단절자 범위를 현행대로 유지하는 것으로 수정(조특법 §29의8①∙§30①)

③ 개인종합자산관리계좌(ISA) 세제지원 모두 현행대로 유지하는 것으로 수정(조특법 §91의18∙§129의2)

④ 주주환원 촉진세제 도입 삭제(조특법 §100의33∙§100의34)

⑤ 전자신고세액공제 범위를 현행대로 유지하는 것으로 수정(조특법 §104의8)

⑥ 해외자원개발투자 세액공제 적용범위 현행대로 유지하는 것으로 수정(조특법 §104의15)


2) 부가가치세법

① 신용카드 등 사용에 따른 부가가치세 세액공제 공제율을 현행대로 유지하는 것으로 수정(부가법 §46①)


나. 부결된 내용

  한편, 2024년 세법개정안 중 상속세 및 증여세법 개정안의 경우 ① 상속세 및 증여세 최고세율 인하 및 최저 과세표준구간 확대, ② 상속세 자녀공제 확대, ③ 밸류업∙스케일업∙기회발전특구 창업∙이전 기업에 대한 가업상속공제 확대, ④ 최대주주등 보유주식 할증평가 폐지 등의 개정안이 포함되어 있었으나, 국회 본회의에서 정부안이 부결됨에 따라 개정사항이 없습니다.