대륙아주는 처분청이 수입누락 또는 사양오류 부품(이하 '쟁점부품')을 무상수입하면서 발급받은 수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 그에 따른 매입세액을 불공제하여 A회사에게 부가가치세를 부과한 처분과 관련하여, 처분청의 대리인으로서 A회사가 쟁점부품의 실제수입자 및 그에 따른 부가가치세 납세의무자에 해당하지 않으므로 해당 처분이 정당하다는 조세심판원 결정을 이끌어 냈습니다.
A회사는 국내사업장이 없는 B회사가 국내 고객사들에게 판매한 반도체 제조장비의 판매지원 서비스 등을 제공하는 법인으로서 B회사의 쟁점부품을 무상수입하면서 세관장으로부터 이에 대한 수입세금계산서를 발급받아 관련 매입세액을 공제받아 왔습니다. 처분청은 A회사에 대한 법인통합조사 결과 위 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로, 그에 따른 매입세액을 불공제하여 A회사에게 부가가치세를 부과하는 처분을 하였습니다. A회사는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였습니다.
대륙아주는 처분청의 대리인으로서 ① 관세법상 납세의무자와 부가가치세의 매입세액공제 요건이 별개라는 점, ② 형식상 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점, ③ 형식상 수입신고 명의인은 관세 및 수입부가가치세를 납부하고 매입세액을 공제받을 수 없다는 점을 주장하였고, 그 결과 조세심판원으로부터 처분청이 A회사에게 부가가치세를 부과한 처분이 잘못이 없다는 결정을 이끌어 냈습니다.
본 사례는 그동안 관세 및 수입부가가치세의 구조상 난점으로 인하여 지속되었던 부가가치세 매입공제 문제와 관련하여, 관세법과 부가가치세법에 대한 명확한 이해를 바탕으로 이들이 맞닿은 영역에서 발생한 혼란을 수습하고, 합리적인 결론을 도출하였다는 점에 의의가 있습니다.
