「조세특례제한법 시행령」 개정안의 주요 내용과 시사점


법무법인 대륙아주 강헌구 변호사
법무법인 대륙아주 황준수 변호사



1.「조세특례제한법 시행령」 개정안 규정변경예고의 배경

  개정 「조세특례제한법」(2025. 3. 14. 개정, 2025. 3. 14. 시행)에서 위임한 세부사항을 규정하기 위하여, 기획재정부는 2025. 3. 21. 「조세특례제한법 시행령」 개정안에 대한 입법예고를 하였습니다.

  개정 「조세특례제한법」은, 국가전략기술의 범위에 미래형 운송 수단과 인공지능을 추가하였고, 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면율 및 감면 종합한도를 상향하고, 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 한도를 확대하였습니다. 

  금번 조세특례제한법 시행령 개정안은 개정법의 위임사항을 구체화하여 ① 중소기업특별세액 감면이 적용되는 수도권 내 중기업 규모 출판업의 범위, ② 국가전략기술 연구개발시설 및 신성장 연구개발시설의 적용방법 및 사후관리 요건, ③ 성과보상기금 중도해지 시에도 소득세 감면이 적용되는 기업의 부득이한 사유를 정하고, ④ 해외건설자회사 출자전환차액상당액 손금산입 특례제도 집행 요건을 정하고, ⑤이스포츠대회 운영에 대한 과세특례 집행에 관한 세부사항을 정하였는 바, 세부적인 내용은 아래와 같습니다.



2.「조세특례제한법 시행령」 개정안의 주요 내용

가. 중기업 규모 출판업 지원범위 구체화(조특령 제6조)

  개정 조세특례제한법은 수도권에서 출판업을 영위하는 중기업에 대한 중소기업특별세액감면 감면율을 10%로 하고 출판업의 범위를 시행령에 위임하였고(조세특례제한법 제7조), 개정 조세특례제한법 시행령은 수도권에서 중소기업 특별세액 감면이 적용되는 중기업 규모 출판업의 범위에 ‘일반 서적 출판업’을 추가하였습니다. 


나. 연구개발세액공제 기술심의위원회의 심의사항 확대(조특령 제9조 제5항) 

  조세특례제한법 시행령 개정안은 기존 연구개발세액공제 기술심의 위원회의 심의사항에 해당하지 않던, 국가전략기술 연구개발시설, 신정장∙원천기술 연구개발시설의 인정에 관한 사항을 연구개발세액공제 기술심의 위원회의 심의사항으로 추가하였습니다. 


다. 국가전략기술 연구개발시설 및 신성장∙원천기술 연구개발시설 규정(조특령 제21조 제4항)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 국가전략산업의 연구개발을 촉진하기 위하여, 국가전략기술 연구개발시설을 ‘국가전략기술 연구･시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부･산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설, 신성장 원천기술 연구개발시설을 ‘신성장･원천기술 연구･시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부･산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설’로 정의하고, 국가전략기술 반도체 투자에 대하여는 세액공제율을 5% 상향하였습니다. 

  구체적으로, 종전에는 국가전략기술 반도체 연구개발시설 등에 투자하는 경우에 당해연도 투자액의 15%(중소기업의 경우 25%) 상당액을 세액공제 받을 수 있었지만, 조세특례제한법 시행령 개정안에 따르면, 투자액의 20%(중소기업의 경우 30%) 상당액을 세액공제 받을 수 있게 되었습니다. 


라. 국가전략기술 연구개발시설 및 신성장∙원천기술 연구개발시설 세액공제에 대한 사후관리(조특령 제21조 제5항, 제10항, 제11항)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구개발시설(일반 연구개발 병행 시)에 대한 사후관리 특례를 마련하여, 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지 누적 사용비율이 50%를 초과하지 않는 경우 해당 시설을 다른 용도로 전용한 것으로 간주하여 공제받은 세액 상당액에 이자상당액을 가산하여 납부하도록 하였습니다. 


마. 내일채움공제 중도해지시 소득세 감면을 적용하는 부득이한 사유 규정(조특령 제26조의6)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 내일채움공제 중도해지 시에도 근로자가 수령하는 금액에 대하여 소득세 감면 적용되는 부득이한 사유로 사업을 폐업하거나 휴업하는 경우, 법인을 해산하는 경우를 추가하였습니다. 


바. 채용시 세제지원 대상 경력단절자 범위 확대(조특령 제26조의8, 제27조)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 채용 시 세제지원 대상이 되는 경력단절자의 요건 중 퇴직사유에 퇴직일 당시 장애인복지법의 적용을 받은 장애인 자녀가 있는 경우, 퇴직일 당시 70세이상 고령 ･ 장애인복지법의 적용을 받는 장애 직계존속 동거봉양을 추가함으로써, 위 사유로 퇴직한 자를 채용하는 경우에도 세제지원을 받을 수 있도록 하였습니다.


사. 특별재난지역 고향사랑기부금 적용기간 구체화(조특령 제54조 신설)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 특별재난지역 선포일로부터 3개월 이내에 기부한 고향사랑기부금에 대하여는 기부금 세액공제율을 30%로 상향하였습니다. 


아. 노란우산공제 장기가입자에 대하여 경영악화 요건 규정(조특령 제80조의3)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 노란우산공제 10년 이상 가입자가 임의해지시에도 퇴직소득으로 과세하는 경영악화 요건으로 종합소득세ㆍ법인세 신고상 사업수입금액이 직전 3년 평균 사업수입금액 대비 50% 이상 감소한 경우를 추가하였습니다.


자. 해외건설사업자의 출자전환차액상당액 손금산입 특례 신설(조특령 제104조의30)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 내국법인이 해외건설자회사에 대여한 금액을 출자전환하여 해외건설자회사의 주식을 취득하는 경우, 출자전환한 대여금등의 장부가액에서 취득한 주식등의 시가를 차감한 금액을 손금에 산입할 수 있도록 하고, 합병･분할 등에 따라 해외건설자회사의 주식등을 승계한 법인이 손금산입 특례를 승계 가능하도록 하였으며, 해외건설자회사의 순자산 장부가액이 증가하거나 취득한 주식등 처분 시 손금에 산입한 금액을 익금에 산입하도록 하였습니다.


차. 이스포츠대회 운영비용 세액공제 신설(조특령 제104조의32)

  조세특례제한법 시행령 개정안은 수도권 외의 지역에서 개최한 이스포츠대회의 상금, 경기장 대관비, 장비 대여료 등 해당 대회 운영에 직접 사용된 비용의 10%를 법인세에서 공제할 수 있도록 하였습니다. 



3. 개정안 시행예정일 및 시사점

  기획재정부는 조세특례제한법 시행령 개정안을 2025. 3. 21.부터 2025. 4. 30.까지 입법예고 하고, 2025. 5. 중 공포∙시행될 예정이라고 공표하였습니다. 위와 같은 조세특례제한법 시행령 개정안을 통해 국가전략기술 반도체 투자에 대한 세액공제율이 향상되었으므로, 반도체 투자를 고려하고 있는 경우에는 세액공제 요건을 살펴 새로운 투자계획을 수립하는 한편 향후 확정되는 조세특례제한법 시행령을 확인할 필요가 있을 것으로 보입니다.